La dirección, administración y representación de la Fundación, está a cargo de un Consejo de Administración integrado por siete integrantes (ver más detalle en Instituto). La presidencia del Consejo de Administración es ejercida por un miembro electo entre los designados por un período de dos años, y que puede ser renovada por un nuevo período. Representa legalmente al Consejo de Administración y por ende a la Fundación, el Presidente y otro consejero indistinto, actuando en forma conjunta en los actos y contratos civiles, procesales, comerciales y de relación con terceros, sin perjuicio del otorgamiento de mandatos especiales a otros miembros o personas ajenas al mismo.

De las sesiones del Consejo de Administración se labran actas, las que son registradas en el libro correspondiente, en el que se resumen las manifestaciones hechas en la deliberación, la forma de las votaciones y sus resultados.
El Consejo de Administración tiene las más amplias facultades de administración y disposición, pudiendo realizar todos los actos jurídicos y adoptar todas las decisiones tendientes al cumplimiento de los fines de la Fundación, para lo cual no tiene más límites que los que surjan de su Estatuto y de aquellas que le imponen las disposiciones legales que regulan la materia. Puede consecuentemente, y sin que esta enumeración signifique limitación de sus atribuciones: (I) promover las actividades directamente vinculadas con el objeto de la Fundación y su desarrollo; (II) preparar y aprobar los planes de trabajo, el presupuesto anual de la Fundación oportunamente, aprobar también el inventario, balance general y cuenta de ingresos y egresos; (III) cumplir y hacer cumplir estos Estatutos, interpretándolos cuando fuere necesario; (IV) otorgar y/o revocar poderes especiales; (V) abrir cuentas corrientes, girar sobre las mismas, solicitar y suscribir préstamos y realizar cualquier otra operación con todo tipo de bancos o entidades financieras, ya sean oficiales, privadas o mixtas, existentes actualmente o a crearse en el futuro; (VI) celebrar todo tipo de contrato, convenio o acuerdo público o privado, con el gobierno nacional o departamental, entidades autónomas y/o cualquier otra autoridad pública, instituciones privadas nacionales o internacionales; (VII) asimismo y siempre en nombre y representación de la Fundación podrá comprar, dar, enajenar, transferir y disponer de los bienes corporales o incorporales, muebles e inmuebles, valores, derechos y acciones, en todo o en parte, al contado o, a plazos y gravarlos con prendas, hipotecas, darlos en anticresis y constituir usufructo, pudiendo efectuar con miras a los mismos todos los actos de riguroso dominio o Administración; (VIII) dar y tomar en arrendamiento bienes inmuebles (urbanos y rurales), ceder, dar y tomar en depósito, mutuo y préstamo; (IX) aceptar donaciones, herencias o legados en los términos que correspondan, a fin de cuidar el patrimonio de la Fundación; (X) podrá crear las Comisiones que crea necesario para buen funcionamiento de la Fundación, nombrando a los integrantes de las mismas; (XI) dentro de los sesenta días siguientes al cierre del ejercicio económico, el Consejo de Administración elaborará una memoria anual de la gestión desarrollada en cada ejercicio en la que se especificará cada uno de los actos realizados en cumplimiento del objeto de la institución, los recursos utilizados y la situación patrimonial de la Fundación. La memoria anual debe ser presentada ante la autoridad administrativa de contralor.

El Consejo de Administración cuenta con poder de iniciativa para obtener fondos de carácter nacional y/o internacional con la finalidad de favorecer el cumplimiento de los objetivos de la Fundación.
El contralor de la Fundación se encuentra a cargo de una Comisión Fiscal, la que está integrada por tres miembros honorarios, quienes son designados: dos por la Universidad de la República y uno por la Intendencia de Maldonado. Los mismos duran dos años en el desempeño de sus funciones, pudiendo ser reelectos por un nuevo período, mientras mantengan su capacidad civil.

La Comisión Fiscal de SARAS está integrada por: la Esc. Lujan Criado y el Cr. Gustavo Morales (representantes de la Universidad de la República) y la Ing. Bethy Molina (representante de la Intendencia de Maldonado).

La Comisión Fiscal tiene como atribuciones: (I) examinar los libros y documentos de la Fundación, el estado de Caja y las existencias de bienes y valores, con la frecuencia que juzgue conveniente; (II) dictaminar sobre el inventario y balance anual aprobado por el Consejo de Administración, formulando las observaciones pertinentes; (III) asistir cuando lo estime conveniente, o a solicitud del Consejo de Administración con voz pero sin voto a las sesiones de dicho Consejo; (IV) plantear al Consejo de Administración las observaciones a su gestión, así como los antecedentes revisados; (V) convocar y asistir cuando lo estime conveniente, o a solicitud del Consejo Asesor con voz pero sin voto a las sesiones de dicho Consejo; (VI) velar porque el Consejo de Administración cumpla con el estatuto de la Fundación, así como con el régimen jurídico vigente, dando cuenta de las irregularidades constatadas a las instituciones representadas en dicho Consejo y a la autoridad administrativa de contralor, Ley 17.163.

El Consejo de Administración de la Fundación está integrado por: Cecilia Fernández y Carlos Iglesias (representantes de la Universidad de la República), Jorge Marcone y Cristina Zurbriggen (representantes del Consejo Asesor de SARAS), Jorge Céspedes (representante de la Intendencia de Maldonado), Gerardo Evia (representante del Ministerio de Ambiente) y Micaela Trimble (representante de los investigadores asociados a SARAS).